Nella primavera del 1600 venne avviata in Italia un'inchiesta sui libri posseduti dalle biblioteche degli ordini religiosi per estirpare in modo capillare le opere proibite dalla chiesa. Anche presso la Biblioteca dei Minori Osservanti di San Nicolò di Carpi il padre Giovanni Francesco Malazappi, obbedendo agli ordini dei superiori, compilò e spedì a Roma l'inventario dei 662 volumi del convento. Dalla sua analisi è emerso che la monumentale biblioteca, voluta all'inizio del Cinquecento dal principe Alberto III Pio, custodiva ancora, nell'anno 1600, i suoi antichi volumi, mentre le edizioni più recenti, del pieno e tardo '500, erano distribuite nelle celle dei religiosi e rispecchiavano le loro funzioni e i loro nuovi interessi. Accanto agli elementi comuni riconducibili ai testi fondamentali della cultura francescana elaborati presso le scuole medievali, si nota l'apertura verso altri territori del sapere, come la linguistica, l'astronomia, l'ermetismo cabalistico, il collezionismo, le biografie di uomini illustri e il misticismo. Nonostante la censura, erano ancora vivi e operanti gli echi della grande stagione dell'Umanesimo e del Rinascimento.