La presenza di Leonardo ad Urbino e Pescara come architetto e ingegnere generale al servizio di Cesare Borgia nel 1502 è presentata in un contesto storico e culturale che comprende ogni aspetto dell'arte, della scienza e della tecnologia di Leonardo, come pure del suo pensiero filosofico. Dipinti e disegni di Leonardo e della sua scuola provenienti da raccolte pubbliche e private, compreso la terza versione della Vergine delle Rocce e una Maddalena discinta di sbalorditiva bellezza e affascinante iconografia, nonché un apografo del Trattato della pittura di Leonardo nella biblioteca di casa Leopardi a Recanati, sono pure presentati a piena documentazione della sua presenza nella regione. Infine, una presenza eccezionale in questa mostra è il Codice sul volo degli uccelli compilato esattamente cinque secoli fa, nel 1505, e rapportato concettualmente al Santuario della Santa Casa di Loreto, dove si trova la Madonna protettrice degli aviatori. Il materiale è ulteriormente discusso da sette studiosi di fama internazionale sotto la guida del curatore.